يصاب الفلفل بالعديد من الأمراض التى ينتج عنها خسارة كبيرة فى المحصول سواء فى الكم أو النوع فى زراعات الصوب وكذلك الزراعات المكشوفة وبالتالى يحدث تأثير سلبى على التصدير وبالتالى العائد سواء للمزارع أو الدولة .
وهذه الأمراض يمكن تقسيمها إلى :
أولاً : أمـــــراض فطريـــــة
ثانياً : أمراض نيماتودية
ثالثاً : أمراض فسيولوجية
اولا : الأمراض الفطرية
من أهم الأمراض الفطرية التى تصيب الفلفل
1- العفن الطرى أو سقوط البادرات
المسبب
يتسبب عن فطريات عديدة أهمها : Rhizoctonia Solani Phytophthora spp .
تؤدى الإصابة إلى تعفن البذور قبل ظهورها على سطح التربة ويعرف ذلك باسم الذبول الطرى قبل الإنبات وهذا ما يحدث غالباً فى الصوانى التى تزرع بغرض إنتاج الشتلات عند حدوث أى خلل فى إعداد الصوانى للزراعة ( عدم التعقيم الجيد وكذلك الرى الغزير . . . . إلخ ) ويحدث كذلك موتاً للبادرات عند زراعتها فى الأرض المستديمة .
الأعـراض
تظهر الأعراض فى صورة نقص فى نسبة الإنبات .
قد تظهر الإصابة على شكل ضمور فى السويقة الجنينية السفلى للبادرة عند مستوى سطح التربة ، تذبل البادرة نتيجة لذلك ويسقط جزؤها العلوى الأخضر على سطح الأرض ويعرف ذلك باسم سقوط البادرات بعد الإنبات وهناك فطريات أخرى موجوه فى التربة يؤدى وجودها إلى حدوث الأعراض السابقة ومنها: Pythium Sp. Fusarium Solani
الظروف الملائمة لانتشار المرض
درجات الحرارة المرتفعة نسبياً .
إرتفاع الرطوبة الأرضية .
قلة الإضاءة والتهوية .
زيادة كثافة النباتات.
كل هذه العوامل تجعل البادرة رهيفة وعديمة المقاومة للفطريات المسببة للمرض .